Da trent’anni è l’immagine classica della vita divisa in tre “domini”, ma ci sono novità riguardanti i microbi. Su PLoS One Jonathan Eisen e il suo gruppo all’università della California, Davis, hanno pubblicato
Stalking the Fourth Domain in Metagenomic Data: Searching for, Discovering, and Interpreting Novel, Deep Branches in Marker Gene Phylogenetic Trees
Più che un titolo, è un abstract.
Qualcuno ricorderà le crociere del Sorcerer II attorno al mondo con Craig Venter che “campiona gli oceani“, tira su badili d’acqua di mare ogni 200 miglia, trita e sequenzia tutto il DNA che ci trova dentro, e dal 2004 pubblica decine di migliaia di geni inediti. Più altri già noti, ma presenti in versioni un po’ cambiate in microbi ignoti fino a quel momento.
Nella massa di sequenze dell’Ocean Global Sampling, Jonathan Eisen ha pescato due “superfamiglie” di geni – quella del recA che ricombina il DNA e quella del rpoB che lo traduce in RNA – noti per la loro onnipresenza. Per ciascuna, ha costruito l’albero filogenetico lungo il quale, nel corso dell’evoluzione, i geni si sono diramati da una specie all’altra fra quelle pescate. In entrambi i casi, quei geni finivano su dei rami a sé. (Spiegazione troppo modesta from the horse’s mouth e in fondo link ad altri commenti.)
O si tratta di virus – Eisen pensa che siano forme di vita, anche Venter, ma per ora prevalgano i conservatori – oppure i domini dei procarioti sono tre e si tratta di identificare gli appartenenti al terzo, pescarne un bel po’ e sequenziarne un massimo. Un po’ come avevano fatto Claire Fraser e Craig Venter con il Methanococcus jannaschii, l’Archeoglobus fulgidus, il Deinococcus radiodurans e via via gli altri archei negli anni ’90. I giovani non hanno idea, ma all’epoca la metagenomica era ancora in fasce, per sequenziare le loro poche centinaia di geni ci si metteva una vita. Adesso, pff… si fa la pulce d’acqua in un battibaleno anche se ha tre volte più geni di noi.
Quelli sono arrivati per primi ca. 4 miliardi di anni fa, si riproducono come conigli e sono i padroni del mondo, a me sembra strano che siano evoluti solo tre domini.
So che alcuni ascoltatori sono eucariotisti e rimanderebbero tutti i microbi a casa loro. Non li capisco, ma sono tollerante, quindi per loro ho trovato il nuovo albero filogenetico di noi primati, cresciuto da una radice conigliesca e uscito su PLoS Genetics. Vista la velocità alla quale stiamo estinguendo i parenti più stretti, dovrebbe essere la versione definitiva.
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