Reti neurali, cont. e quiz

Ho parlato dell’Alpha Go, persuasa come tanti colleghi dalla macchina pubblicitaria di Google, ma il paper è tosto, mentre quelli segnalati da Domenico mi sembrano un po’ carenti. Credo di aver trovato un esempio più soddisfacente. Alla medicina personalizzata, applica un big data e meta-data mining interpretato da una rete neurale bayesiana.

L’obesità e conseguente diabete tipo 2 che stanno diffondendosi in tutto il mondo, dipendono in gran parte dalla risposta glicemica al cibo, che è diversa in ogni persona. Su Cell, David Zeevi et al. del Weizmann raccontano l’apprendimento della loro rete neurale a partire da un esperimento con 800 volontari il cui livello di glucosio nel sangue (la sua variazione = PPGR) era monitorato ogni 5 minuti per una settimana. Molti parametri – pressione, massa corporea, colesterolo, sonno, esercizio fisico, composizione del microbioma intestinale ecc. ecc. –  erano stabiliti a priori, altri erano ignoti (alla fine 2 volontari fanno eccezione, come mai?)

Ricevevano 5.107 pasti standardizzati” mentre gli altri 52.000

(breakfast, lunch, dinner, and up to two intermediate meals)

erano liberi. Altri volontari sono stati reclutati per controllare – con esami prima, durante e per una settimana dopo – le differenze tra una dieta normale e quella personalizzata prevista dalla rete, attribuita in doppio cieco. Risultato:

Dietary interventions based on our predictor showed significant improvements in multiple aspects of glucose metabolism, including lower PPGRs and lower fluctuations in blood glucose levels within a short 1-week intervention period. It will be interesting to evaluate the utility of such personalized intervention over prolonged periods of several months and even years. If successful, prolonged individualized dietary control of the PPGR may be useful in controlling, ameliorating, or preventing a set of disorders associated with chronically impaired glucose control, including obesity, prediabetes, TIIDM, and non-alcoholic fatty liver disease…

Si sa da tempo che più è alto il livello di glucosio dopo i pasti più aumenta il rischio di diabete, quindi il “punto finale” degli esperimenti clinici era già definito. Esistono marcatori di rischio per altre malattie,

Employing similar individualized prediction of nutritional effects on disease development and progression may also be valuable in rationally designing nutritional interventions in a variety of inflammatory, metabolic, and neoplastic multi-factorial disorders. More broadly, accurate personalized predictions of nutritional effects in these scenarios may be of great practical value…

A proposito di microbioma che tanti vorrebbero usare per prevedere la salute e prevenire malattie, brevettando addirittura probiotici con il mix ideale…, la stima degli organismi alieni che ospitiamo continua a cambiare. Il rapporto microbi-cellule umane era di 10 a 1 a metà degli anni ’90 quando il gruppo di Craig Venter ne aveva fatto un primo sequenziamento genetico in blocco; dieci anni dopo di 100 a 1; adesso quelli del Weizmann calcolano un massimo di 1 a 1.

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Se siete dalle parti di Roma

Sospetto alcuni habitués di sentire la mancanza dei raduni organizzati un tempo dal “prof.” Vincenzo Valenzi, sponsor 22 passi, al Ministry of Aeronautics nel senso di albergo-ristorante di Roma noto ai più come Casa dell’Aviatore. L’11 febbraio ci sarà un happy hour durante il quale negaioli dell’effetto serra dei gas serra negheranno le ricerche scientifiche, strategiche ed economiche sui cambiamenti climatici in corso e diffameranno i ricercatori.

Nessuno di loro ha mai pubblicato alcunché su riviste di scienza, strategia o economia del clima – ça va sans dire et encore mieux con un link a Scholar – e ne ignorano l’esistenza, stando alle fonti che usano citare. 

18.00-18.10 – Introduzione del Chairman: Gen. Giancarlo Naldi (Membro del Comitato Tecnico-Scientifico del CESMA e già   Direttore del CESMA)
18.10 – 18.30 – Keynote Address: Prof. Renato Angelo Ricci – Prof. emerito Università  di Padova – Presidente di Galileo 2001 per la dignità e libertà  della scienza – Già presidente delle Società  di Fisica Italiana ed Europea – dell’ala negaiol-zicchichista come l’attuale presidente (1).
18.30 – 18.50 – Relatore per la parte scientifica: T.Col. Guido Guidi – Capo Sezione Coordinamento Editoriale – Centro Operativo Per la Meteorologia (C.O.Met) dell’Aeronautica Militare
18.50 – 19.10 – Relatore per la parte economica: Prof. Mario Giaccio – Già Docente di economia delle fonti di energia – Università  di Chieti-Pescara
19.10 – 19.30 Relatore per la parte strategica: Prof. Franco Battaglia – Docente di Chimica dell’ambiente – Università di Modena
19.30 – 19.50 – Presenazione (sic) del volume: “Il Climatismo: una nuova ideologia” (2) del Prof. Mario Giaccio: Prof. Uberto Crescenti – Già presidente della Società Italiana di Geologia, Prof. emerito dell’università  di Pescara.

Stranamente non partecipa il colonnello Paolo Ernani, superiore del ten. col. Guidi per grado e titolo di studio che sul Giornale un anno fa annunciava di nuovo il gelo imminente:

 Il 2014 è stato un anno caldo, ma la temperatura media non varia da 20 anni. L’osservazione delle macchie solari preannuncia una “piccola era glaciale”.

(1) Nel programma la prof. Cifarelli non c’è. D’altronde l’invito precisa “è gradita giacca e cravatta (niente jeans)”, l’accesso dev’essere riservato ai maschi.

(2) Quiz

Chi ha taroccato i grafici di copertina ai quali abboccano l’autore, il presentatore e un disinformatore?

  1. Un allevatore australiano di bovine da latte
  2. Un pisquano canadese della setta di LaRouche, che fa pure guarigioni miracolose
  3. La fondazione Gentlemen Who Proffer Fibs (for money)
  4. Alexander Parkhomov

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Riservato agli orecchietti di Popolare network

Se ne parla nel giornale alle 19.40 circa.
La Human Fertilization and Embriology Authority britannica ha autorizzato il gruppo di Kathy Niakan – una giovane genetista dell’istituto Francis Crick inaugurato di recente a Londra – a usare la tecnica CRISPR-Cas9 per “correggere il genoma” (un solo gene per ora) di ovuli umani fecondati in vitro, non utilizzati e donati appositamente.

Lo scopo è di provare a capire se quel gene, quando è difettoso, fa sì che si sviluppino in embrioni meno di metà degli ovuli fecondati, una volta impiantati. L’autorizzazione prevede esperimenti su blastocisti di non più di 7 giorni che poi andranno distrutti.
Anche perché a differenza di tecniche simili già approvate per terapie genetiche, una “correzione” fatta con CRISPR-Cas9 è ereditaria, si trova in tutte le cellule del corpo, ovuli e spermatozoi compresi. Di applicarla alla discendenza prima che sia collaudata non se ne parla.

Dal com. stampa del Crick:
Ora la proposta deve ottenere l’approvazione del comitato etico; se verrà data, il programma di ricerca comincerà entro pochi mesi.

Articolo di Nature. Non avrò il tempo di spiegare come funziona la tecnica, se mi resta qualche secondo vorrei aggiungere una cosa. Nonostante i processi in corso sui brevetti, con CRISPR-Cas9 si fanno già batteri che producono un nuovo antibiotico, zanzare che non trasmettono malattie, frumento che resiste alla siccità (resisteva di suo, ma sono millenni che lo irrighiamo e nel frattempo il gene “giusto” s’è disattivato), sistemi per bloccare la replicazione dell’HIV o per creare, come in questo caso, uno strumento diagnostico: identificare l’ovulo fecondato con la maggior probabilità di diventare un embrione, un feto e infine un bambino.

Insomma è una tecnica molto promettente davvero, e i progressi sono stati fulminei: scoperto 4 anni fa che funzionava nei topi (hanno due cromosomi come noi, i batteri non ne hanno), in marzo si è saputo che in Cina era stata provata su embrioni umani trisomici combinando un un disastro, 50 errori aggiunti per ogni correzione a un gene per la talassemia. Oggi nei topi come nei maiali sembra diventata precisissima.