{"id":33500,"date":"2018-05-23T15:39:45","date_gmt":"2018-05-23T13:39:45","guid":{"rendered":"https:\/\/ocasapiens-dweb.blogautore.repubblica.it\/?p=33500"},"modified":"2022-02-13T16:20:26","modified_gmt":"2022-02-13T15:20:26","slug":"farsi-strada-in-paesaggi-frattali","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/2018\/05\/23\/farsi-strada-in-paesaggi-frattali\/","title":{"rendered":"Farsi strada in paesaggi frattali"},"content":{"rendered":"

Ieri mentre festeggiavamo chi con latte caldo e miele<\/a> e chi con champagne metaforico la vittoria di un blogger cortese contro un bullo imbroglione, sui PNAS<\/em> usciva un articolo<\/a> del trio\u00a0Francesc Font-Clos, Stefano Zapperi e Caterina La Porta. Hanno creato un modello teorico – una specialit\u00e0 del Centro della Complessit\u00e0 e i Biosistemi<\/a>, alla Statale di Milano – e l’hanno collaudato nel caso particolare dei tumori originati da cellule epiteliali.<\/p>\n

Particolare per modo di dire visto che rappresentano l’80% dei tumori, e nel\u00a0data-base\u00a0GTEx<\/a>\u00a0che hanno usato, c’\u00e8 una quantit\u00e0 sterminata di sequenze genetiche.
\nCos\u00ec mostrano come evolve il fenotipo delle cellule epiteliali mentre diventano mesenchimali, e con quali livelli di mobilit\u00e0 e di adesivit\u00e0 diventano “aggressive” e migrano per formare metastasi.\u00a0Un’appendice a The Physics of Cancer<\/em><\/a>, e qualcosa di pi\u00f9:<\/p>\n

Our general methodological strategy is not restricted to E[pithelial]-M[esenchimal]-T[ransition] but could be readily applied to other gene regulatory networks relevant to understanding a variety of physiological functions and pathological conditions.The method appears to be a promising tool to build convenient and accessible maps to orient ourselves to the exploding amount of single-cell sequencing data.<\/em><\/p><\/blockquote>\n

La loro mappa deprimer\u00e0 i ricercatori in oncologia clinica, secondo me. Ci sono molti pi\u00f9 “stadi” ibridi tra epiteliali e mesenchimali, quindi molte pi\u00f9 differenze tra le espressioni dei geni, di quanto pensavano. Font-Clos et al. citano una metafora di Waddington: il fenotipo cellulare “\u00e8 come una biglia che rotola su un paesaggio epigenetico” di valli e colline, e la sua plasticit\u00e0 corrisponde al superamento di una collina tra due valli.
\nLa biglia rotola in un paesaggio frattale, scrivono:<\/p>\n

The map reconstructed from the model and con?rmed analyzing RNA-seq data shows a rugged landscape with scale-free fractal-like features that are reminiscent of disordered solids and glassy materials.\u00a0<\/em><\/p><\/blockquote>\n

Ogni cellula epiteliale, mesenchimale o in transizione tra l’una e l’altra, occupa un suo posto, ha un “profilo genetico” e quindi una probabilit\u00e0 di diventare “aggressiva” derivata dall’espressione di un’ottantina di geni (a occhio, sono elencati in fondo alla fig. 3), attivi a livelli diversi in tutti i tessuti del GTEx.<\/p>\n

Gli autori propongono un modello “semplice” (sic<\/em>) di reti dinamiche booleane. Con una certa soddisfazione per il risultato ottenuto, ma al condizionale. “Potrebbe” essere una bussola affidabile e uno strumento per fare previsioni. Resta da verificarlo per il 20% degli altri tumori, per esempio.<\/p>\n

Nel com. stampa<\/a>, Caterina La Porta aggiunge che adesso<\/p>\n

lo scopo \u00e8 di superare l\u2019ostacolo dell\u2019eterogeneit\u00e0 tumorale per sviluppare trattamenti personalizzati<\/em><\/p><\/blockquote>\n

come se quel modello non rendesse ancora pi\u00f9 complicata la loro ricerca…\u00a0Rif. anche Anna Romano su Scienza in Rete<\/a>.<\/p>\n

*<\/p>\n

A proposito di trattamenti personalizzati, oggi su\u00a0Nature<\/em> Giorgia Guglielmi fa una mini-rassegna<\/a> degli esperimenti clinici con trapianti fecali o con specie di batteri che potrebbero migliorare la risposta dei pazienti ai trattamenti contro certi tumori. Se ne parla da vent’anni, ma \u00e8 ancora troppo presto, dicono i critici:<\/p>\n

\n

But it\u2019s unclear whether a single species can help people with cancer and, if so, what bacterium that is. The papers published in\u00a0Science<\/i>\u00a0last year all associated different bacteria with the best outcomes, even for the same cancer and therapy.<\/p>\n<\/blockquote>\n

*<\/p>\n

A proposito di una puntata precedente del lavoro di Font-Clos et al., in radio un mese fa <\/a>\u00a0con Stefano Zapperi si parlava delle differenze genetiche tra popolazioni umane<\/a>, e di come vengono interpretate dai fautori del “razzismo scientifico”. Oggi su Science<\/em>, c’\u00e8 un’intervista<\/a> di\u00a0Jedidiah Carlson, un dottorando in bioinformatica<\/a>\u00a0genetica che per caso s’\u00e8 imbattuto in Stormfront<\/p>\n

\n

one of the internet\u2019s oldest and most notorious hangouts for white nationalists, white supremacists, and neo-Nazis<\/em><\/p>\n<\/blockquote>\n

non soltanto americani.<\/p>\n

Stormfront and similar online forums, as well as the comment sections on \u201calt-right\u201d news websites and Twitter accounts, regularly host what he\u2019s dubbed \u201cinformal journal clubs,\u201d dedicated to dissecting population genetics papers and sorting them into those that support a white nationalist ideology and those that don\u2019t. For more than a year,\u00a0[Carlson] has followed the evolution of this strange, racist trend.<\/em><\/p><\/blockquote>\n

Un’ambiente “tossico”, nel quale non vale la pena perder tempo, dice:<\/p>\n

I don\u2019t think engaging them directly\u00a0will work. In an argument between a logical person and illogical person, the logical person is always going to lose because the illogical person isn\u2019t playing by the same rules. The misappropriations and misinterpretations run so deep that you\u2019ll just get shouted down and personally attacked, and you\u2019re not going to change anyone\u2019s mind.<\/em><\/p><\/blockquote>\n

Ma se uno di loro esce dal tombino…<\/p>\n

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Ieri mentre festeggiavamo chi con latte caldo e miele e chi con champagne metaforico la vittoria di un blogger cortese contro un bullo imbroglione, sui PNAS usciva un articolo del trio\u00a0Francesc Font-Clos, Stefano Zapperi e Caterina La Porta. Hanno creato un modello teorico – una specialit\u00e0 del Centro della Complessit\u00e0 e i Biosistemi, alla Statale… Continua a leggere Farsi strada in paesaggi frattali<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[16,17,19],"tags":[1179,4432,4566,5000,5552,5747,6543],"class_list":["post-33500","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-fisica","category-genetica","category-matematica","tag-caterina-la-porta","tag-metastasi","tag-modelli-booleani","tag-oncologia","tag-probabilita","tag-razzismo","tag-stefano-zapperi","entry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/33500","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=33500"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/33500\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":45522,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/33500\/revisions\/45522"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=33500"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=33500"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=33500"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}