{"id":35650,"date":"2020-05-11T17:51:38","date_gmt":"2020-05-11T15:51:38","guid":{"rendered":"https:\/\/ocasapiens-dweb.blogautore.repubblica.it\/?p=35650"},"modified":"2022-04-22T17:03:02","modified_gmt":"2022-04-22T15:03:02","slug":"la-narrativa-dei-genomi","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/2020\/05\/11\/la-narrativa-dei-genomi\/","title":{"rendered":"La narrativa dei genomi"},"content":{"rendered":"<p>Quando non ne posso pi\u00f9 di <strong><a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/d41586-020-01394-6\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">paper falsificati<\/a><\/strong> su Sars Cov-2, covid-19 o presunta cura, vado su <strong><a href=\"https:\/\/nextstrain.org\/ncov\/global\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Nextstrain<\/a><\/strong>, al contempo banca-dati, piattaforma informatica, strumento di divulgazione e di collaborazione mondiale sul serio.<br \/>\n(Ci ho appena passato un paio d&#8217;ore dopo un commento di Sergio Cosmaro a proposito della frase di <a href=\"https:\/\/www.unifi.it\/p-doc2-2013-200007-C-3f2a3d313a282c-0.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Elena Castellani<\/a> su <em>Le Scienze<\/em> di maggio:<\/p>\n<blockquote>\n<ul>\n<li><em>&#8220;quando per esempio esperti del clima sostengono tesi discordanti riguardo all&#8217;interpretazione del cambiamento climatico, a chi dare retta?&#8221;<\/em><\/li>\n<\/ul>\n<\/blockquote>\n<p>Agli autori dei rapporti IPCC che valutano la plausibilit\u00e0 delle varie tesi, tanto per cominciare?)<\/p>\n<p>Devo aver raccomandato Nextstrain pi\u00f9 volte, senza dire perch\u00e9 \u00e8 affidabile, provo a rimediare. Figlia di GISAID, aperta ufficialmente nel<a href=\"https:\/\/academic.oup.com\/bioinformatics\/article\/34\/23\/4121\/5001388\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"> <strong>maggio 2018<\/strong><\/a>, mostra &#8220;in tempo reale&#8221; la diffusione e l&#8217;evoluzione (filogenesi) di virus patogeni. Un gruppuscolo di bio-informatici, filogenomisti e virologi l&#8217;aveva concepita nel 2016. L&#8217;anno dopo il prototipo riceva il <strong><a href=\"https:\/\/www.openscienceprize.org\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">premio Open science<\/a><\/strong>, pochi soldi &#8211; $230 mila &#8211; ma abbastanza per collaudarlo e reclutare nuovi collaboratori.<\/p>\n<p><strong><a href=\"https:\/\/nextstrain.org\/blog\/2019-10-31-using-narratives-to-explain-west-nile-virus-spread\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Uno dei progressi<\/a><\/strong>\u00a0fatti da allora \u00e8 essenziale &#8211; trovo &#8211; per ricercatori, epidemiologi, medici e ancora di pi\u00f9 per noi dummies<\/p>\n<blockquote>\n<ul>\n<li><em>Capire quello che i dati dicono richiede spesso una notevole competenza in filogenomica.\u00a0Le narrative di Nextstrain consentono di &#8220;allegare&#8221; brevi paragrafi di testo ad alcune visualizzazioni dei dati.<\/em><\/li>\n<\/ul>\n<\/blockquote>\n<p>In successione, i paragrafi raccontano come i filogenomisti interpretano i dati.<\/p>\n<p>Nel diagramma e nella mappa sulla pagina del nuovo coronavirus, ci stanno &#8220;soltanto&#8221; tremila genomi. Per vedere i <strong><a href=\"https:\/\/www.gisaid.org\/fileadmin\/gisaid\/files\/images\/epicov_17k_2020-05-06.jpg\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">14 mila<\/a><\/strong> presenti oggi su GISAID, bisogna cliccare sui link per localit\u00e0, per autori o per centri di ricerca sotto le immagini.<\/p>\n<p>Non tutti hanno gi\u00e0 una narrativa uscita su qualche rivista o in un archivio di preprint. Per ora mancano genomi del Sars Cov-2 trovati in pazienti prima del 24 dicembre 2019. La sua presenza da <strong><a href=\"https:\/\/www.medrxiv.org\/content\/10.1101\/2020.03.15.20032870v1.full.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">settembre-ottobre<\/a><\/strong> in malati di influenza e polmonite in Lombardia e altrove resta un&#8217;ipotesi &#8211; plausibile, ma da dimostrare.<\/p>\n<p>(<strong><a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/?term=Pasquale+Mario+Bacco\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Pasquale Mario Bacco<\/a><\/strong> &#8211; &#8220;<a href=\"http:\/\/www.foggiatoday.it\/cronaca\/assessore-morto-fucile-caccia-post-contro-bacco.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">l&#8217;<strong>esperto<\/strong><\/a>&#8221; di chissach\u00e9 intervistato dal <a href=\"https:\/\/www.ilgiornale.it\/news\/cronache\/covid-lhiv-non-avremo-mai-vaccino-1861905.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><em>Giornale<\/em><\/a>\u00a0a causa di una sua <strong><a href=\"https:\/\/meleamspa.com\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">r\u00e9clame<\/a><\/strong> per il <strong><a href=\"https:\/\/www.bitontolive.it\/news\/attualita\/927857\/la-meleam-in-prima-linea-contro-il-coronavirus-ecco-il-kit-per-il-test-rapido\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">kit venduto<\/a><\/strong>\u00a0senza convalida n\u00e9 certificazione dalla sua ditta di Bitonto e\/o <a href=\"edilizia.com\/azienda\/Meleam_srl\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Battipaglia<\/a> &#8211; \u00e8 gi\u00e0 stato debunked da <strong><a href=\"https:\/\/www.medicalfacts.it\/2020\/05\/11\/coronavirus-pillole-di-ottimismo-correlazione-tra-il-livello-di-anticorpi-nel-siero-e-neutralizzazione-del-virus\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Guido Silvestri<\/a><\/strong>, grazie prof!)<\/p>\n<p>Per ora le\u00a0<strong><a href=\"https:\/\/academic.oup.com\/ve\/article\/6\/1\/veaa027\/5818738\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">suddivisioni<\/a><\/strong> in <strong><a href=\"https:\/\/onlinelibrary.wiley.com\/doi\/abs\/10.1002\/jmv.25902\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">cladi<\/a><\/strong> &#8211; in discendenti da un singolo virus mutato &#8211; sono <strong><a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41564-020-0688-y\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">provvisorie<\/a><\/strong>, dipendono dai genomi disponibili localmente. E&#8217; probabile che siano superate insieme all&#8217;annuncio di mutazioni che <strong><a href=\"https:\/\/www.biorxiv.org\/content\/10.1101\/2020.04.29.069054v2.full.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">rafforzerebbero<\/a><\/strong> o attenuerebbero qualche <strong><a href=\"https:\/\/www.biorxiv.org\/content\/10.1101\/2020.04.28.066977v1\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">propriet\u00e0<\/a><\/strong> del virus.<\/p>\n<p>La narrativa continuer\u00e0 a cambiare, va cos\u00ec da quando esiste la ricerca. Allora &#8220;a chi dar retta&#8221;? Agli esperti che continuano a dimostrarsi onesti, che domanda! Una docente di filosofia della scienza dovrebbe forse chiedersi come li distingue dagli imbroglioni quando la sua stessa\u00a0<strong><a href=\"https:\/\/www.nove.firenze.it\/b011301517-universita-di-firenze-master-in-medicina-naturale.htm\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">universit\u00e0 <\/a><\/strong>insegna <strong><a href=\"https:\/\/www.corsodilaureafarmacia.unifi.it\/upload\/sub\/Programma%20Uni%20Firenze%20Omeo.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">ciarlatanerie<\/a><\/strong> e dimostra\u00a0<strong><a href=\"https:\/\/oajournals.fupress.net\/index.php\/ijae\/article\/view\/1096\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">solidariet\u00e0<\/a><\/strong>\u00a0perfino a\u00a0<strong><a href=\"https:\/\/ocasapiens-dweb.blogautore.repubblica.it\/tag\/marco-ruggiero\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Marco Ruggiero<\/a>\u00a0<\/strong>e ai suoi ex collaboratori&#8230;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Quando non ne posso pi\u00f9 di paper falsificati su Sars Cov-2, covid-19 o presunta cura, vado su Nextstrain, al contempo banca-dati, piattaforma informatica, strumento di divulgazione e di collaborazione mondiale sul serio. (Ci ho appena passato un paio d&#8217;ore dopo un commento di Sergio Cosmaro a proposito della frase di Elena Castellani su Le Scienze&hellip; <a class=\"more-link\" href=\"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/2020\/05\/11\/la-narrativa-dei-genomi\/\">Continua a leggere <span class=\"screen-reader-text\">La narrativa dei genomi<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[17],"tags":[1390,2409,2483,2634,2953,6118],"class_list":["post-35650","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-genetica","tag-cladi","tag-esperti","tag-evoluzione","tag-filogenomica","tag-genomi","tag-sars-cov-2","entry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/35650","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=35650"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/35650\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":46844,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/35650\/revisions\/46844"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=35650"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=35650"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/archivio.ocasapiens.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=35650"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}