Sovrapproduzione

I preprint sulla Covid-19 vengono sfornati a una rapidità paurosa, la qualità ne risente. Se non potete far a meno di leggerli, oggi ne trovate 839 qui. Nei vostri panni non li guarderei prima di aver letto o riletto e meditato “Why most published research findings are false“.

Aumentano anche le stime del tasso di contagio (R0). Mi ci ha fatto pensare il commento di Paolo Magrassi – se non è un’omonimia, l’oca è rosso pomodoro per i complimenti e ne ha un po’ da mandare al mittente. Il tasso è il risultato di modelli matematici molto diversi tra loro. Vanno aggiornati di continuo con dati epidemiologici, altre variabili locali e non, perché servono alle autorità non solo per decidere misure di contenimento ma anche per valutarne l’effetto in corso d’opera e in un prossimo futuro.

Un tasso stimato (h/t zoomx) a bordo della Diamond Princess – una nave da crociera somiglia più a una provetta con il tappo che a una città – non va estrapolato alla Lombardia insomma.
Dovevo spiegarlo già ai tempi di Ebola in Africa occidentale quando parlavo dei modelli di Alessandro Vespignani: incorporano un modello di R0 e altri ancora in una serie di ingranaggi. Se interessa a qualcun* saperne di più, suggerisco di leggere nell’ordine

Mentre lo leggevo immaginavo la faccia di Andrea Idini che non sopporta le previsioni epidemiologiche (quelle climatiche sì, ma i modelli sono fisici). Sono una bussola rozza, è vero, gli spostamenti dell’ago vanno tenuti d’occhio e interpretati con molta prudenza, ma l’alternativa è navigare a vista.

Adesso ho indietro l’O’s digest di Nature, Science, The Economist… mai lavorato tanto da quando sono in pensione, e sto bene, grazie/I’m ok, tks/je vais bien, merci.

14 commenti

  1. COVID—19, riflessioni in libertà. Vincitori e vinti.
    Fra i vinti, potrebbero esserci gli idioti del No Vax.
    Fra i vincitori le donne. Nel senso che quando cominceremo a pensare al dopo (ovvero come organizzare una ripresa della normalità), dovremo giocoforza cercare di blindare le categorie più fragili perché queste categorie, finché il virus continuerà a circolare, saranno sempre a rischio (almeno finché non sarà trovato a diffuso un vaccino). Penso che si dovrà scaglionare il ritorno alla normalità. E un aspetto molto utile a questi fini – se venisse confermato, la constatazione è recente – è il fatto che le donne sembrano essere meno sensibili al virus: “si infettano di meno, si ammalano di forma grave di meno e muoiono di meno” (Ilaria Capua dixit). *Se* questo trend fosse confermato e le donne presentassero anche nei prossimi tempi una resistenza maggiore, si potrebbe cominciare il ripopolamento (a livello di attività di svago ma anche lavorative, almeno in una fase iniziale) con un numero maggiore di donne. Insomma: cominciare a pensare al dopo con quello che impariamo dal vivere questa emergenza drammatica.

  2. Ho sentito finalmente ier sera Agnoletto accennare alla necessità di requisire le cliniche private. Evviva! Sarebbe forse il caso di andare a petire (no pietire) la cosa?
    En passant chiedo lumi gentilmente sul versante dei test immunologici, che mi parrebbero cosa assai bella (o sbaglio?).
    La padrona di casa ha notizie affidabili al riguardo?
    Grazie.

    1. steph,
      Mah… tra oscillococcinum o vitamine a manetta e corona-party, tanto è solo un’influenza, i fautori dell’immunità naturale non mi sembrano aver cambiato idea.
      Per le donne spero che non sarà come dopo la crisi finanziaria, hanno trovato più lavoro degli uomini ma è quello pagato peggio…
      —
      ciao giovanni, tutto bene?
      Agnoletto – tutta Medicina democratica, mi sembra – lo chiede da parecchio. Da quello che ho capito per una revoca temporanea non serve una legge.
      Test immunologici: sarebbe bello sì, pensa al personale sanitario che era sintomatico e potrebbe tornare al lavoro. E servono anche per il vaccino.
      So che si stanno ancora cercando anticorpi per il Sars-Cov-19 (adesso si chiama Sars-CoV-2…) ben distinti da quelli per i coronavirus del raffreddore che abbiamo probabilmente tutti.
      Nella UE i test per un anticorpo promettente vengono “convalidati” sui pazienti guariti prima di dimetterli. Ha cominciato La Charité di Berlino poi si sono aggiunti altri ospedali. Il risultato non sarà definitivo, gli appena guariti hanno un livello elevato di anticorpi, ma se il test funziona si può aggiustarne la sensibilità e provarlo di nuovo per vedere quanti sono i falsi positivi o negativi quando il livello è basso. E se sono troppi, migliorare l’affidabilità con altri anticorpi.
      In UK proveranno il test ultra-rapido di Biomedomics. Il Wall Street Journal diceva che era stato convalidato in Cina, ma non ho visto i risultati. In Corea del Sud, usano quello del Pasteur (Roche) – e ce ne sono sicuramente altri.

  3. Tutto bene, grazie mille.
    Magari da pensare un gentile invito collettivo della società civile alle autorità…non so perché ma regione Lombardia da sola non mi sembra proattiva sull’argomento. Secondo me il personale sanitario gradisce più degli applausi al balcone…
    Grazie anche per l’aggiornamento, saranno interessanti i numeri del test UK.
    Rimango alla finestra a guardare i cani che portano a spasso i loro padroni…

  5. Cara Ocasapiens,
    sì avevo visto il paper di Lancet ma mi era parso esercizio vagamente onanistico: dire che secondo il mio raffinatissimo modello sarebbe meglio prolungare ancora un po’ il lockdown (ma va?), con l’avvertenza che «there are limitations to our analysis, including large uncertainties around estimates of R0 and the duration of infectiousness», mi muove a qualche ilarità. Le equazioni nei papers non mi spaventano, ma quando servono a poco o nulla possono irritarmi.
    Non sono sicuro di essere d’accordo che la sola alternativa al paper su Lancet per fare page-count, sia la navigazione a vista.
    Intanto, ancora non stiamo facendo indagini statistiche dell’incidenza, ben un mese e mezzo dopo avere capito che c’era un problema!!! Questo mi sembra incredibile.
    E se vogliamo parlare di wild guesses, non nascoste dietro i paramenti delle equazioni epperò UTILI, allora ecco ad esempio quella di Luca Foresti, che ieri stima in 10 milioni circa gli italiani infetti semplicemente partendo dal conto dei morti effettivi presunti e applicandovi una case-fatality dell’1%, per il momento abbastanza condivisa. Imperial College London dice che gli infetti italiani sono tra 2% e 26%: dunque Foresti è dentro. Micheal Levitt, che forse qualcosa ci capisce in questo “fog of war” ha detto una settimana fa che i numeri gli dànno la sensazione che ci sia un gran numero di gente immune: un’altra quasi-conferma per Foresti.
    Avanti così, Grande Oca!

    1. P. Magrassi,
      deve scusare WordPress, ogni tanto sospende commenti per motivi suoi.
      Non sono sicuro di essere d’accordo che la sola alternativa al paper su Lancet per fare page-count, sia la navigazione a vista.
      Meno male! La pensa così anche Andrea, immagino. Non si può far a meno di stime ed esistono modelli non deterministici, ma sempre con “large uncertainties around estimates of R0 and the duration of infectiousness”.
      Qui parlo spesso di modelli fisici, e vorrei far capire perché quelli epidemiologici hanno incertezze così enormi. Per dire, non esiste nessun modello nel quale quando raddoppia la concentrazione di CO2 atmosferica la sensibilità del clima è di 2-26 °C.
      Ci sono analisi statistiche dell’incidenza, trova le ultime a pp. 3 e 4 , e un’altra a p. 23. Forse lei intende quanti contatti non contagiati o quanti immuni su una data popolazione?
      Luca Foresti mi sembra nel mainstream, invece mi chiedo se Levitt non sia stato frainteso. Sul Calcalist sembra non sapere che in Cina i cordoni sanitari sono stati imposti con brutalità inversamente proporzionale alla distanza da Wuhan. Non vuol dire che fuori dal primo focolaio la gente era già immune.
      Xi Jinping aveva previsto l’andamento della curva a metà febbraio se non ricordo male, meglio non rivendicare una priorità che poi s’arrabbia…

  6. Cara Ocasapiens,
    Per incidenza / prevalenza intendo proprio quello che c’è scritto là a pagina 3,4, e 24. Solo che i numeri ivi forniti sono favole, perché usano come numeratore il NUMERO DI CASI ACCERTATI.
    Invece una strategia informata di risposta necessiterebbe di una stima della prevalenza EFFETTIVA (infetti/abitanti), perché essa ci direbbe (a) quanto siamo lontani a una presumibile immunità di gregge (b) quanti sono gli italiani infetti ma asintomatici (che da varie stime attendibili sappiamo essere circa il 50% degli infetti) (c) quante e quali risorse dobbiamo ancora allocare (d) una stima, per quanto lasca, della progressione futura, …
    PS: dati/informazioni cinesi sono molto sub judice, ora me ne sono convinto persino io, che sono un ingenuo

    1. P. Magrassi,
      una stima della prevalenza EFFETTIVA (infetti/abitanti)
      finché va da 0,5 a 6 milioni, non è molto utile. Il Forum Disuguaglianze Diversità – creato da statistici – ha proposto alle amministrazioni pubbliche una ricerca su campioni rappresentativi della popolazione nazionale e regionale.
      Prime domande da oca: quale deve essere la composizione del campione? Quale regione ha un eccesso di tamponi, lab attrezzati & staff capace di analizzarli? Ecc.
      Per risponderci, penso che ci siano dati affidabili poi guardo chi comanda la sanità lombarda e mi viene qualche dubbio – rif. post “Bandiera bianca col foulard”
      dati/informazioni cinesi sono molto sub judice
      E non solo quelle, penso, ma finché non ce ne sono altre cosa si fa?

  7. Ocasapiens:
    PERFETTAMENTE d’accordo. Attendo anch’io ansiosamente test statistici! I campioni non devono essere molto grandi, poche migliaia. I problemi peggiori credo siano
    >> la dinamica del fenomeno e il conseguente rischio di inseguire una chimera: a crescite esponenziali, se fai il test lunedì esso non avrà più senso mercoledì e quindi dovrei farne almeno uno a settimana e ciò distoglierebbe troppi ‘tamponi’ al mondo ospedaliero. Adesso la dinamica non è più feroce: sarebbe ora di cominciare IMHO
    >>> la logistica: non è come fare un semplice sondaggio elettorale, devo andare a casa delle persone prescelte dal modello e forzarle a sottomettersi al tampone. E ci devo mandare personale sanitario, non ragazzotti come si fa per i sondaggi, e per giunta personale protetto con DPI.
    Noto infatti che nessun Paese sembra averlo mai fatto. Ho sentito detto qualcosa solo in Germania, ma solo intenzioni e nulla di fatto. Anche il mass test islandese non credo fosse statist. significativo e comunque non mi risulta ripetuto…

    1. P. Magrassi,
      lei è bayesiano? Scusi la domanda personale, ma ci ho una teoria (tutti nasciamo bayesiani e meno male)
      con “poche migliaia” intendo o.d.g. 10mila
      con un test sierologico affidabile al 95% anche di più. Ma per ora nessun test ci arriva.

I commenti sono chiusi.