(Riciclo)
L’università di Standford è lieta di annunciare la nascita su Cell del primo batterio virtuale. Grazie a un “sforzo pachichermico” e a un (bio) CAD, Marks Covert, colleghi e studenti sono riusciti a simulare vita, divisione e miracoli del Mycoplasma genitalium.
Sia detto senza offesa, è piuttosto scarso di geni – 525 rispetto ai 4 mila e passa dell’Escherichia coli – per cui nel 2008 era stato anche il primo ad avere un genoma fatto a mano con DNA comprato un tot all’etto e firmato Craig Venter. Riprodurne in silico le funzioni e interazioni di ogni singola “componente molecolare” non è stata una passeggiata lo stesso.
Ci son voluti oltre 19 mila parametri stabiliti da esperimenti precedenti in oltre 900 pubblicazioni, più decine di esperimenti appositi in vitro per arrivare a 28 “moduli”, uno per ogni funzione biologica: alimentazione, metabolismo, riproduzione, percezione, moti molecolari interni ed esterni, riparazioni ecc.
L’M. genitalium – che malgrado il nome abita pure nell’apparato respiratorio umano – è ora osservabile a occhio nudo e si possono rallentare, fermare, accelerare i processi dei vari moduli. Fine della privacy: in vitro nessuno era riuscito a contare quante proteine erano collegate a ogni tratto di DNA codificante o che il tempo di attivazione del DNA era inversamente proporzionale al suo tempo di duplicazione.
Con moduli aggiunti o aggiustati, si può applicare ad altri organismi, prevedere che fenotipo uscirà da un genotipo, saggiare nuove ipotesi sui rapporti tra genoma, trascrittoma, proteoma e metaboloma, sperimentare l’effetto di molecole terapeutiche su singoli o più moduli, “razionalizzare” la progettazione di batteri transgenici ecc.
Finito il rodaggio su vari procarioti, l’idea è di creare in silico eucarioti via via più complessi. Lo studente Jonathan Karr, primo autore della bestiola, ritiene che sia un primo passo verso un Homo sapiens virtualis. Auguri.
Complimenti ai genitori intanto, è uno strumento bellissimo. Vien voglia di coniugarlo con modelli epidemiologici, ambientali, climatici per prevederne la diffusione invece di farsi cogliere impreparati dal Vibrio vulnificus nel Mar Baltico surriscaldato, come si legge su Nature Climate Change.
Lettura che ha impressionato persino il Bardo “Ogni resistenza è futile” Cassandra, uso frequentare altri lidi.
I satelliti vedono rosso
Estensione della calotta groenlandese sciolta in superficie tra l’8 e il 12 luglio. Le misure prese da 3 satelliti (della NASA, dell’Aeronautica statunitense e quello indiano Oceansat-2. Il complotto s’allarga, ndr) mostrano che l’8 luglio il 40% circa della calotta glaciale s’era fusa in – o in prossimità della – superficie. In pochi giorni la fusione si era vistosamente accelerata arrivando al 97% circa.
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