Volgarità a parte,
1 – Come l’addetto al servizio utenti del NCBI in novembre e Andrea Rampado in settembre, da agosto Giancarlo De Marchis, neutrino e l’oca s. affermano che sul sito NCBI esistono sia il nome “non registrato” dal 2002 che la sequenza parziale del gene 16S rRNA di un microbo trovato a Frascati da Celani et al.;
(l’oca s. dà per scontato che, a parte Andrea Rampado, Hermano Tobia e pochi altri, tutti sanno che l’esistenza del nome Fata turchina, per esempio, non dimostra l’esistenza della Fata turchina)
2 – come gli autori delle pubblicazioni citate da Rampado & Passerini, l’oca s. e Giancarlo De Marchis ritengono che, in assenza di “pubblicazione valida” (vedi 3), quella sequenza parziale non basti a determinare una specie
Andrea Rampado lo sa e lo conferma ricopiando in un aggiornamento questo vecchio albero filogenetico (aggiunta: Gvdr gli spiega come leggerlo)
3 – l’oca s. e, presume, Giancarlo De Marchis, ringraziano Andrea Rampado di aver copiato un altro testo che smentisce ogni sua affermazione:
Quiz
Tramite comparazione e con omologia > 99%, a quale specie di batterio appartiene la sequenza parziale depositata da Celani et al.?
@Ocasapiens
Non so rispondere al tuo quiz, non sono abbastanza esperto. Però l’altro giorno il vermentino aveva un cattivo sapore e l’ho fatto analizzare. Ci hanno trovato un batterio sconosciuto di cui ho fatto sequenziare “l’RNA” – copyright Andrea Rampado, l’oca s. . Poi l’ho sottoposto ad una banca dati per l’identificazione (vedi PS) ed è risultato essere una Ralstonia. Siccome vedi che ogni riga comincia con la base “g” e la riga finale è costituita addirittura da tutte basi “g” l’ho chiamata Ralstonia giancarlensis vinodurans. Ora scrivo il lavoro e la registro.
PS: fare la copia dell’intera sequenza, compresi i numeri di riga, e incollarla nell’apposito riquadro del link seguente. Premere submit ed attendere il risultato.
http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp
1 gggagatttg atcctggctc agattgaacg ctggcggcat gccttacaca tgcaagtcga
61 gcggcagcat gatctagctt gctagattga tggcgagtgg cgaacgggtg agtaatacat
121 gggaacgtgc cctgtagtgg gggataacta gtcgaaagat tagctaatac cgcatacgac
181 gtgagggtga aagtggggga ccgcaaggcc tcatgctata ggagcggccg atgtctgatt
241 ggctagttgg tgaggtaaag gctcaccaag gcgacgatca gtagctggtc tgagaggacg
301 gtcagccaca ctgggactga gacacggccc agactcctac gggaggcagc agtggggaat
361 gttggacaat gggcgaaagc ctgatccagc aatgccgcgt gtgtgaagaa ggccttcggg
421 gtgtaaagca cttttgtccg gaaagaaatg gctctggtta atacctgggg tcgatgacgg
481 gaccggaaga ataaggaccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggtcc
541 gagcgttaat cggaattact gggcgtaaag cgtgcgcagg cggttgtgca agaccgatgt
601 gaaatccccg agcttaactt gggaattgca ttggtgactg cacggctaga gtgtgtcaga
661 ggggggtaga attccacgtg tagcagtgaa atgcgtagag atgtggagga ataccgatgg
721 ggaaggcagc cccctgggat aacactgacg ctcatgcacg aaagcgtggg gagcaaacag
781 gattagatac cctggtagtc cacgccctaa acgatgtcaa ctagttgttg gggattcatt
841 gccttagtaa cgtagctaac gcgtgaagtt gaccgcctgg ggagtacggt cgcaagatta
901 gaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga tgatgtggat taattcgatg
961 gaacgcgaaa aaccttacct acccttgaca tgccactaac gaagcagaga tgcattaggt
1021 gctcgaaaga gaaagtggac acaggtgctg catggctgtc gtcagctcgt gtcgtgagat
1081 gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttgtctcta gttgctacga aagggcactc
1141 gagagagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaagt cctcatggcc
1201 gttatgggta gggcttcaca cgtcatacaa tggtgcatac agagggttgc caagccgcga
1261 ggtggagcta atcccagaaa atgcatcgta gtccggatcg tagtctgcaa ctcgactacg
1321 ggaagctgga atcgctagta atcgcggatc agcatgccgc ggtgaatacg ttcccgggtc
1381 gtgtacacac cgcccgtcac accatgggag tgggctttac cagaagtagt tagcctaacc
1441 gcaaggaggg cgattaccac ggtagggttc atgactgggg tgaagtcgta acaaggtagc
1501 gggggggggg gggggggggg gggggggggg ggggggg
Se uno vuole esagerare la può inserire pure qui
http://rdp.cme.msu.edu/seqmatch/seqmatch_intro.jsp
e vedere come il parente più prossimo sia proprio la Ralstonia spagnola, quella della piscina nucleare; con una similarità 0,985. Forse era vino pesante.
Giancarlo,
“non so rispondere”: bugiardo.
La vinodurans è un’extraterrestre, mi sa, dovresti dirlo a Mistero-Andrea Rampado.
@Ocasapiens
Ci provo per vedere se ho davvero imparato quello che ho studiato.
Direi che è la Ralstonia Pickettii 12D; CP001644 che col 99,3% le somiglia addirittura di più di quella spagnola della piscina nucleare. Occhio che è patogena!
Eh, ma quindi, quando il vino sa di tappo….Patogena e scroccona, che si frega tutti gli aperitivi alcolici!!
Il pistolero mi sa deve buttare un altro paio di lussuosissime scarpe Testoni, (o L.V. )?
a proposito di tassonomia…
grazie alla sua ultima impresa ho potuto collocare definitivamente il Rampado fra i passeriformi doc (nello specifico http://en.wikipedia.org/wiki/Troglodytes_(wren).
Ogni residuo sospetto di malizia sul soggetto è caduto…
@giovanni (minuscolo)
Non vorrei che arrivasse una querela, secondo Andrea Rampado
La tassonomia o sistemica è la branca della batteriologia ecc.
Giancarlo, quella Ralstonia avvinazzata la si può registrare? Potrebbe essere la soluzione definitiva alla piaga dell’alcolismo. Poi a me – come da secondo link tuo – combacia al 98% pure con la detusculana, quindi esiste di sicuro. Si dice in giro possa trasformare il vino in acqua. Se fosse vero, potrebbe risolvere il grave problema della siccità che affligge tanta parte del nostro mondo nelle stagioni calde. Però adesso non cominciare a dire che non puoi fornire un sequenziamento completo! Lo sai anche tu che non ce n’è mica bisogno…
@Giancarlo
ti ho messo le virgolette a RNA, prima che Andrea Rampado ti quereli.
Anche secondo i “miei” esperti, Celani et al. hanno sequenziato una pickettii. si vede anche dal (vecchio) albero aggiunto da Rampado (tutte le altre ralstonie sono nei data base salvo la detusc, LOL). Se avessero fatto la comparazione con le sequenze pubblicate “validamente” se ne sarebbero accorti allora.
@Giovanni
Forse in kevlar, questa volta.
@Cimpy
non serve, infatti. Se un nome esiste, esiste la specie nominata: Unicornus rosa, Fata turchina ecc.
mi scuso allora ma deve ammettere però che varie caratteristiche suggeriscono una classificazione come troglodytes (fra i passeri).
citando wikipedia
“Like other wrens, they are elusive as they hunt for small insects and spiders, but they readily reveal their positions through their loud songs.
These are territorial birds, but the tiny Winter Wren will roost communally in a cavity in cold weather to help conserve heat.”
Le querele del Rampado saranno mica quelle tipo “ti aspetto di fuori!” ? Cimpy scappa prima che suoni la campanella!
Meglio lasciare tutta a lui la facoltà d’insulto. E al limite diamogli anche ragione che ci costa? La Detuscolana esiste, è nelle banche dati e fa come Rambo: mangia fulmini eccetera eccetera. Prima o poi scopriranno (è questione di poco) un altro ceppo che si pappa la Detuscolana e sforna qualcosa altro. Mi ricorda quel cartone di (con Duffy o Teddeo?) che telefona per farsi portare un gatto per scacciare il topo, poi un cane per scacciare il gatto, poi un leone per scacciatre il cane, poi l’elefante per scacciare il leone e poi un topo per scacciare l’elefante. Alla fine si tiene il topo.
Però ammettiamolo, stavolta Giancarlo l’ha fatto incazzare “pe’ davero”. Se Passerini non gli avesse concesso piena libertà di agitarsi nel blog dell’amore, credo a quest’ora gli sarebbe già esplosa la milza facendo un botto udibile dalla Lombardia alla Croazia.
A proposito della Detuscolana vinense, non c’è un ceppo imparentato che trasforma l’acqua in vino? Sapete avremmo una cerimonia a breve e siamo un po’ a corto.
Vabboh, ma più che Andrea Rampado, che di batteri e filogenetica non sa molto, e non ne faccio una colpa a lui (anche se a parlare di cose che non si conosce…), mi stupiscono i mille pecoroni che gli corrono dietro.
Il problema è che ncbi ragiona in buonafede, non si pone la possibilità che qualcuno proponga una tassonomia sbagliata per secondi fini, in barba alle evidenze.
Bignamino: di solito si raggruppa nello stesso otu quello che è all’interno di un 3% di differenza. La detuscolanense è distante dalle pickettii meno dello 0.1%.
Caspita, è proprio l’immagine che mostra lui che clusterizza la detuscolanense con le pickettii! Sembra non capire, Rampado, che il problema non è meno l’esistenza fisica d’un batterio, quanto il fatto che questo sia o meno una nuova specie!
Ma, di nuovo, lui è cocciuto ed ignorante. Gli altri si bevono tutto quello che arriva dai loro profeti.
Cosa serviva, poi, tirare in ballo Majda? Certo che “il batterio” (o meglio la sua sequenza) esiste, è lì. Perché non le ha chiesto se si tratta di una nuova specie o di una pickettii?
Per essere espliciti: se la tassonomia fallace (palesemente erronea e pretestuosa, in base ai dati pubblicati) rimanesse nel curriculum dell’autore o nel blog di Passerini, sarebbero cavolacci loro. Ma questi della scienzas e ne sbattono, e fanno casino dando nomi nuovi a strand vecchi, facendo danni a cascata. Sia alla ricerca (se blasto le mie sequenze e su ncbi ci sono tassonomie sbagliate me le trascino ovunque) e alla reputazione degli altri ricercatori italiani…
Bignamino due (al terzo chiedo i soldi per le ripetizioni). La pickettii che Celani ha sequenziato (e chiamato det.) non è la atc 27511 (che è il nome del singolo batterio, un po’ restio a farsi sequenziare due volte) ma è evidentemente una pickettii. Esiste variabilità genetica all’interno di tutte le specie e gli strain delle specie viventi. Le pickettii non hanno tutte dna identico. Il problema è che (guarda figura sotto Andrea) c’è più varianza fra pickettii e pickettii (ad esempio fra la dtp0602 e la Pa8) che fra la cosiddetta det. e tutte le pickettii che discendono dal mrca di det. (sic) e 12D chromosome 1 (il “pallino” sopra il ramo della detuscolanense).
Se la det. fosse una candidata sensata ad una specie diversa dalle pickettii quel “pallino” dovrebbe essere alla radice dell’albero (o quanto meno molto vicino a questo). Per fare l’esperimento prova a blastare una ralstonia non pickettii con le pickettii…
@Gdvr
buona spiegazione, aggiungo rimandi nel post – dubito che Andrea “Darwinismo, no grazie” Rampado la capisca, ma sarà utile ai passanti non creazionisti.
Perché non le ha chiesto se si tratta di una nuova specie o di una pickettii?
Fifa…
Forse a Rampado va ricordato che un gene rRNA 16S di una pickettii era stato pubblicato (validamente) prima che Celani et al. depositassero la sequenza della R detusc. Dovevano fare la comparazione, come prescritto nella pagina copiata proprio da Rampado.
Può farla lui, così dimostra l’esistenza della detusc in 5 secondi. Che abbia paura anche di un classifier?
@Giancarlo
lo dici tu a Rampado che un classifier non morde?