Dispacci dal fronte

Pardis Sabeti e la cinquantina di ricercatori che coordina pubblicano brutte notizie su Ebola. La prima è in fondo al paper anticipato ieri sera su Science Express :

• In memoriam: Tragically, five co-authors, who contributed greatly to public health and research efforts in Sierra Leone, contracted EVD in the course of their work and lost their battle with the disease before this manuscript could be published. We wish to honor their memory.

Sheik Humarr Khan

Alcuni di loro collaboravano con Pardis dai tempi di HapMap.

L ‘altra è nel sunto iniziale, grassetto mio:

• In its largest outbreak, Ebola virus disease is spreading through Guinea, Liberia, Sierra Leone, and Nigeria. We sequenced 99 Ebola virus genomes from 78 patients in Sierra Leone to ~2,000x coverage. We observed a rapid accumulation of interhost and intrahost genetic variation, allowing us to characterize patterns of viral transmission over the initial weeks of the epidemic. This West African variant likely diverged from Middle African lineages ~2004, crossed from Guinea to Sierra Leone in May 2014, and has exhibited sustained human-to-human transmission subsequently, with no evidence of additional zoonotic sources. Since many of the mutations alter protein sequences and other biologically meaningful targets, they should be monitored for impact on diagnostics, vaccines, and therapies critical to outbreak response.

In open access, grazie.

Di 341 sostituzioni trovate nei tre ceppi “nuovi” rispetto ai 20 genomi pre-2004, mi sembra importante quella di una glicoproteina. Di solito le glicoproteine sono i principali “bersagli” di un vaccino e mi ricordo che sulla membrana dell’HIV mutavano velocemente:

• The observed substitution rate is roughly twice as high within the 2014 outbreak as between outbreaks. Mutations are also more frequently nonsynonymous during the outbreak (…) Determining whether individual mutations are deleterious, or even adaptive, would require functional analysis; however, the rate of nonsynonymous mutations suggests that continued progression of this epidemic could afford an opportunity for viral adaptation, underscoring the need for rapid containment.

Già, ma i governi si erano opposti alla quarantena, il disastroso direttore dell’Oms-Africa pure, la Nigeria chiuderà Port Harcourt, anche se ne partono le esportazioni di petrolio?
E non è detto che quella glicoproteina sia preoccupante, però

• Our data suggest the Sierra Leone outbreak stemmed from the introduction of two genetically distinct viruses from Guinea around the same time. Samples from 12 of the first EVD patients in Sierra Leone, all believed to have attended the funeral of an EVD case from Guinea, fall into two distinct clusters.

La ricostruzione cronologica va al di là delle sequenze mutate, il paper parla anche del contesto, delle incertezze. Insomma è da leggere e far girare nelle Ong, anche se sono dati ancora parziali. Al Broad Institute – com. stampa – stanno continuando a (ri) analizzare campioni e dati, ci sono di nuovo le brande in corridoio, resta aperto 24/7.

Rif. anche Jon Cohen sui trial imminenti di tre vaccini, tutti in fase I e senza aspettarsi miracoli però…. 15 anni fa, questo era efficace nei macachi, proprio come gli anticorpi monoclonali ZMapp, efficaci al 100% su 18 macachi stando a esperimenti anticipati oggi da Nature in open access, (è una near final version, per “exceptional need”), grazie bis:

• The evidence presented here suggests that ZMapp offers the best option of the experimental therapeutics currently in development for treating EBOV-infected patients. We hope that initial safety testing in humans will be undertaken soon, preferably within the next few months, to enable the compassionate use of ZMapp as soon as possible.

We all hope. Primo caso a Dakar, Senegal.

Pro-memoria
In Italia come altrove, ciarlatani e complottisti approfittano dell’emergenza per spacciare le solite bufale avariate – 7 link, per stomaci robusti (bis).

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– L’Atlante della biodiversità marina dell’Antartide, presentato ufficialmente alla conferenza di Auckland (come mai tutte da te in Nuova Zelanda, Gvdr?);
– il rapporto dell’IEA sul mercato delle energie rinnovabili (h/t Riccardo Reitano), cioè le tabelle di dati e il com. stampa, il resto a pagamento;
– stando alle serie storiche, negli ultimi 18 anni di “pausa” del riscaldamento globale, la temperatura media è aumentata di 0,19-0,35 °C, come prevedono i modelli dagli anni ’80 in poi; grafici da  Numbers4Us.
– sempre su Science, questa  ricerca su ricordi riattivati per 24 ore con la TMS la prenderei con molto sale, com. stampa esagerato.

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Rimmel del giorno

•  the so called “Rossi Effect”, is , as a serendipity, also a system to produce 62Ni, because only this fact can explain the formation of atoms of stable Cu, even if in very small amounts; we also noticed that using eventually powders of Ni enriched this way, the efficiency of the E-Cats increases. But we are not sure of this fact, because there may have been errors in the analysis…

Warm regards anche a voi.