International Brain Lab

A proposito dello Human Brain Project lanciato dalla Commissione Europea e molto contestato, di BRAIN e altre mega-collaborazioni per mappare l’intero cervello cellula per cellula, Gary Marcus della New York University, obiettava che

le neuroscienze non hanno un ‘ponte’ tra la biologia e la psicologia

una sorta di Dna il cui codice, una volta decifrato, porterebbe dai neuroni di tutti alla storia personale del singolo cervello, pensiero, identità, autismo, Alzheimer… Non avevano nemmeno ipotesi condivise su quale potrebbe essere l’equivalente del Dna.

Nel frattempo a Suzhou, in Cina, l’università Huazong per la scienza e la tecnologia (HUST) si è dotata di cinquanta macchine di imaging automatizzato e superveloce, una “fabbrica di mappe su scala industriale,” scriveva David Cyranovski un mese fa. Per ora produce mappe del cervello di topi, di 8 terabyte l’una. Il volume di un cervello umano è circa 1.500 volte tanto, con miliardi di cellule interconnesse di oltre mille tipi diversi.

Un mare crescente di Big Data. Per navigarci dentro in modo sensato, serve una teoria “ponte” fra la disposizione delle cellule e la loro attività da un lato e dall’altro le decisioni e i comportamenti dell’animale titolare del cervello, parlandone da vivo.
Oggi Alison Abbott scrive su Nature 

Researchers unite in quest for ‘standard model’ of the brain

The International Brain Lab (IBL), launched on 19 September, combines 21 of the foremost neuroscience laboratories in the United States and Europe into a giant collaboration that will develop theories of how the brain works by focusing on a single behaviour shared by all animals: foraging. The Wellcome Trust in London, and the Simons Foundation in Washington DC have together committed more than US$13 million over five years to kick-start the IBL.

Dovrebbe essere una collaborazione non gerarchica come quelle del Cern, con l’obiettivo di “scoprire i circuiti cerebrali per un comportamento complesso”:

During its first two years, the IBL will build informatics tools for automatic data-sharing and establish a reliable experimental protocol for a basic foraging task in mice.

Di strumenti informatici ce ne sono già parecchi. Il problema è concordare un “compito semplice” che rappresenti e sintetizzi un intreccio di percezioni, memoria, intenti, decisioni e attività legate alla ricerca del cibo, quali informazioni in merito dovrebbero essere registrate in quali cellule e quindi osservabili nel cervello, con quali mezzi ecc.
Tanti neuroscienziati ci provano da vent’anni senza riuscirci, lamentano che la maggior parte degli esperimenti non sono riproducibili, cercano di metterci una toppa (per es. con l’open neuro platform)

“It is a big challenge — and it’s not the way the field works at the moment,” says Anne Churchland, an IBL member at Cold Spring Harbor Laboratory, New York.

(link aggiunto).

Déja vu
Alla fine degli anni ’80 quando Renato Dulbecco e altri avevano proposto il Progetto Genoma Umano, sicuri che la mappa del Dna avrebbe rivelato il significato del “codice del vivente”, a Dick Lewontin era sembrato un bell’esempio di riduzionismo, di determinismo e di “invidia della fisica”.
In un’intervista a radiopop diceva che l’espressione dei geni era “messy”, confusa, disordinata, un misto di contingenza, caso e opportunismo. Per molti suoi colleghi, la semplicità del modello standard era seducente, una tentazione quasi irresistibile.
Poi si è capito che per interpretare quel codice serviva una mappa dinamica dei molti tipi di Rna, quella delle proteine “codificate”, quella degli “elementi regolatori”, quella dei “marcatori epigenetici”, quella dell’espressione genica in singoli tessuti e oggi in singole cellule…
Bref, una cellula è un tantino più complicata di un atomo, figurarsi un cervello. Auguri.

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A proposito di neuroscienze, lo psicologo James Coyne invita a comparare il com. stampa dello Science Media Centre all’evidenza scientifica (inesistente) sulla presunta Lightning Cure – basata sulla truffa del NPL (!) – per la sindrome da stanchezza cronica.
Altri dettagli sulle “proprietà terapeutiche” dell’etere cosmico nel Parco delle Bufale.

Richard Harrison del Competitive Enterprise Institute è pagato dai fratelli Koch per mentire sul clima, ma forse dovrebbe imparare a farlo meglio. Per esempio scrive

University of Pennsylvania professor Michael Mann claims global warming slowed Harvey’s movement by pushing the jet stream farther north

Come si vede cliccando sul link, Michael Mann afferma invece:

More tenuous, but possibly relevant still, is the fact that very persistent, nearly “stationary” summer weather patterns of this sort, where weather anomalies (both high-pressure dry hot regions and low-pressure stormy/rainy regions) stay locked in place for many days at a time, appears to be favoured by human-caused climate change. We recently published a paper in the academic journal Scientific Reports on this phenomenon.

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Peter Gleick ha contato i files sul cambiamento climatico che il governo ha reso inaccessibili sul sito dello US Geological Survey, un ente del Dipartimento degli Interni: tutti.  I dati originali sono tuttora sui siti delle agenzie federali e dei centri di ricerca che li hanno raccolti.

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Il “granchio” ha catturato Andy Skuce del gruppo Skeptical Science, grande cacciatore di bufale sul clima – we’ll miss him here as well.

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A Napoli, la Città della Scienza si trasforma in Christian Expo

Il 22-23 Settembre 2017 avremo due giorni ricchi di seminari, workshop, concerti a cura di ospiti di rilievo nazionale ed internazionale, il tutto contornato dalla costante partecipazione di più di 100 realtà evangeliche tra associazioni, ministeri, chiese, case editrici, etc. presenti con il loro stand e con le loro attività e novità

Fra le novità, Magdi Allam del Giornale… (h/t radioprozac).

9 commenti

  1. Ho provato a dare un’occhiata sul sito dello US Geological Survey, ma non mi sembra che manchi nulla, anzi sembrerebbe che ci siano molti più file rispetto al 2016, e la trentina di link su cui ho clickato a random funzionavano tutti (solo 3 o 4 di quelli testati davano errore, ma, ricaricando la pagina un paio di volte, alla fine venivano visualizzati)… forse Peter Gleick ha effettuato l’accesso al sito proprio durante una delle fasi di aggiornamento del database o dei server.
    Un abbraccio, virtuale ma sincero, a Andy Skuce.

  2. “mappe del cervello di topi, di 8 terabyte l’una”
    Ovviamente sono mappe molto compresse.
    La mappa del nucleo che uso io e’ di 5TB, ed esclusivamente perche’ e’ il limite massimo che impone il supercomputer. E sono 40 particelle… ^^’
    Sono esoso forse?

    1. Andrea,
      sei sicuramente esoso, ma dovevo precisare che sono mappe di fettine, poi vanno assemblate (stacked).
      Per le fette della colonna corticale di un topo, Henry Markham usa un IBM Blue Gene, ma non ricordo il limite – 16TB?

  3. Signora Sapiens
    “ci sono ancora i link ai “dati originali”, ma non funzionano più. Per es….”
    Veramente il link che lei ha fornito a me funziona tranquillamente con google Chrome.
    Forse a lei non funziona perché manca la “s” finale in “http”… ha provato ad aprire il link “https”:
    https://www.climatehubs.oce.usda.gov/sites/default/files/adaptation_resources_workbook_ne_mw.pdf
    Alcuni browser evidentemente sostituiscono in automatico http con https e permettono di aprire il link senza bisogno della correzione.

  4. Signora Sapiens
    “La cosa divertente è che Peter Gleick è riuscito a far ricomparire i files”
    Ma lei è davvero convinta che i file siano ricomparsi grazie all’intervento di Gleick?… per come si presentano adesso alcuni di quei link, sembrerebbe sempre più verosimile che si sia trattato invece di un temporaneo disservizio dei server, dovuto forse ad interventi di manutenzione e/o aggiornamento del database (probabilmente ancora in atto).
    Insomma, voler pensare ad una cospirazione ordita da Trump per far sparire eventuali dati scomodi, tra l’altro in modo così maldestro, appare un tantino “forzato”.

    1. Ing. Pracanica,
      grazie all’intervento di Gleick?
      e perché i media ne hanno parlato. L’USGS mappa le zone a rischio, in questi giorni sono d’attualità.
      voler pensare aduna cospirazione ordita da Trump
      Perché mai? I capi dei Dip. Energia, Agricoltura, Educazione, Tesoro ecc. hanno annunciato che avrebbero eliminato i temi scomodi dai siti del governo e lo fanno apertamente. Ogni tanto si fermano, più che altro per problemi con l’E-government Act
      .

  5. @ Giovanni Capranica
    Insomma, voler pensare ad una cospirazione ordita da Trump per far sparire eventuali dati scomodi, tra l’altro in modo così maldestro, appare un tantino “forzato”.
    Mi faccia capire: lei davvero pensa che, con questo PotUS, non ci sia da aspettarsi tutto e il contrario di tutto?

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