L'altra emergenza virale

L’Organizzazione mondiale della sanità ha dichiarato l’epidemia da nCoV-2019 un’emergenza sanitaria internazionale, con una settimana di ritardo perché nella riunione precedente, il Comitato per l’emergenza era diviso, scrive Kai Kupferschmidt su Science. Ieri sera invece, la decisione è stata presa alla “quasi” unanimità.

Chissà chi erano i dissidenti, il rappresentante dell’Organizzazione internazionale dell’aviazione civile e della Cina? Sento che sto diventando complottista…

C’è anche un’epidemia internazionale di bufale, come quelle citate dal Guardian. Alcune circolano nel mio quartiere. Parecchi negozi sono gestiti da cinesi e nel periodo dei saldi quelli di lusso sono solitamente frequentati da turisti cinesi. Adesso sono diventati possibili untori, i primi devono chiudersi in casa e i turisti tornare a casa loro.
Cala il silenzio nel bar quando entrano cinesi o giapponesi. Appena escono, riprende la discussione. “Non ci dicono le cose come stanno.” Il governo cinese? Quello italiano? L’OMS? Tutti.

Sono gli stessi che ai tempi della SARS e dell’influenza suina accusavano “tutti” di inventare un’emergenza per farci i soldi. L’hanno inventata anche per Ebola? Eh no! Un medico italiano è quasi morto. Veramente Carlo Urbani, un famoso medico italiano, è morto di SARS, ma non ci credono.

Finora non ho sentito le bufale messe in giro da ciarlatani “per farci i soldi”, solo una sull’origine del virus. Se è “nuovo” vuol dire che qualcuno l’ha fatto in laboratorio. Veramente esisteva da prima, è nuova la sua scoperta, come per Ebola. “No, guardi, Ebola l’hanno scoperto in natura.” Appunto. Provo a fare il legame con gli animali portatori sani di virus per noi letali, dai polli alle mucche, ma sta già guardando la Gazzetta…

Le offro un caffè, dice per tirarmi su il condomino che ieri ha visto Ilaria Capua in televisione, ma un dirimpettaio l’ha già fatto. Grazie.

A proposito dei genomi depositati nella banca-dati GISAID voluta da Ilaria, con 46 genomi oggi su virology.org Andrew Rambaud ha aggiornato la probabile filogenesi del virus, le differenze che ha accumulato rispetto al genoma dell’antenato comune. Condizionali d’obbligo, perché le differenze sono tuttora entro il margine d’errore del sequenziamento

• Dalla maggior parte delle stime fatte da quando i primi dati sono stati prodotti, risulta una data coerente con i rapporti epidemiologici di un primo gruppo di casi [di polmonite virale l’8] dicembre al mercato del pesce di Wuhan 

e il contagio sarebbe avvenuto ogni volta attraverso una persona infetta, non attraverso il cibo.

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Jon Cohen fa il punto sui farmaci anti-virali che potrebbero essere efficaci in combinazione o con poche modifiche e sui vaccini “candidati”, di cui uno sviluppato dagli NIH con la società Moderna che potrebbe essere pronto per test realistici quest’estate:

• Con un po’ di fortuna, tuttavia, quest’estate l’epidemia scemerà e con essa l’urgenza di avere un vaccino pronto. “Nessuno sa cosa succederà,”  dice Stéphane Bancel, il CEO di Moderna. “Speriamo tutti di non aver mai bisogno di quel vaccino.”

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Un Ogm probiotico contro il feroce acaro

Sempre in tema di epidemie, nei paper ce n’è uno bellissimo. Un gruppo coordinato da Nancy Moran, dell’università del Texas a Austin, spiega come modificare il Rna di un batterio intestinale (buono) delle api, Snodgrassella alvi, così da renderlo letale per la Varroa destructor. E perfino da fargli indurre una risposta immunitaria nelle api, bloccando l’attività dei suoi geni usati dai virus per riprodursi. Il trial clinico di fase I è stato positivo. Le api alle quali hanno inoculato i batteri modificati non ne hanno risentito e dopo due settimane non li avevano espulsi.

Inoculare ogni ape sarebbe dura, ma nell’alveare si scambiano batteri di continuo mentre si puliscono a vicenda, potrebbe bastare vaccinarne un tot. O somministrare la Snodgrassella alvi con il cibo invernale o…

Nella sua recensione, Robert Paxton parla di “pallottola d’argento”, ma tempera gli entusiasmi. E’ vero che le api condividono un microbiota tutto loro, però

• But bacteria are renowned for horizontal gene transfer. From an ecological perspective, the consequences of gene escape need to be scrutinized and the potential for release robustly evaluated. From an evolutionary perspective, high mutation rates confer considerable adaptive potential on RNA viruses, and the consequences of RNAi treatment for the evolution of virulence also warrant attention.

Sigh.

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E se Guido Barbujani avesse ragione?
Science, Le Science, The Guardian et al. parlano del paper pubblicato da Cell ieri. Sarebbe la scoperta “sorprendente”, “per la prima volta ecc. di uno 0,3% di geni (pezzi di geni, cioè) neanderthaliani anche nelle popolazioni africane attuali, mentre si pensava che fossero presenti (forse un 2%) solo nei discendenti degli emigrati dall’Africa – cioè di tutti, meno gli africani.
Agg. Anche Wired, commenta radioprozac, e Galileo e Focus Junior e… Ma geni di Neanderthal si scoprono negli africani dal 2016. Pure il comunicato stampa è corretto, sarà un’epidemia…
Da quando abbiamo saputo di essere un po’ neanderthaliani 10 anni fa, Barbujani – tra altri scettici – ricorda che esiste un’ipotesi alternativa al “ci siamo tanto amati”.  Possiamo benissimo aver ereditato gli stessi geni da un antenato comune a Neanderthal e H. sapiens. Non ci sono abbastanza genomi di popolazioni preistoriche per poterlo escludere.
Mi sembra che sia tuttora così perché le parole chiave del paper sono “apparentemente” e “probabilmente”.
Con un nuovo metodo che non conosco, gli autori fanno un’analisi “probabilistica” di 2.504 genomi, mille dei quali africani e gli altri di popolazioni dell’Eurasia e dell’America, per identificare le sequenze geniche “apparentemente” neanderthaliane risalenti a un antenato comune vissuto 500 mila anni fa. E per derivarne l’introgressione, il loro probabile ingresso nel genoma di H. sapiens dei rispettivi continenti, tra circa 50 mila anni e oggi. Più l’ingresso è (probabilmente) recente e più si nota.
E’ genetica computazionale confortata da un modello teorico del genoma dell’antenato comune, che resta da scoprire, e nella “discussione” gli autori ne spiegano i limiti. Comunque hanno trovato un “segnale più robusto” di introgressioni recenti nei genomi africani rispetto agli altri.
A differenza degli africani, in passato abbiamo incontri occasionali con i Neanderthal,

• Tuttavia la maggior parte dell’eredità genetica neanderthaliana può essere probabilmente spiegata da una singola ondata di mescolamento nella popolazione antenata di tutti i non africani

Negli ultimi 20 mila anni i non africani sarebbero emigrati in massa in Africa producendo le introgressioni più evidenti.

• Pertanto l’eredità di un flusso genico con i Neanderthal esiste probabilmente in tutti gli umani moderni, sottolineando la nostra storia comune.

Siamo tutti bastardi e non ci piove, ma siamo anche tutti diversi.
Resta da dimostrare che quei geni erano un’esclusiva dei Neanderthal e che tutti i non africani discendono da un’unica popolazione antenata uscita dall’Africa 70 mila anni fa. A questo punto resterà ancora da spiegare come mai in alcuni genomi africani i geni neanderthaliani sono più numerosi che nell’euroasiatico medio e vice versa.
p.s. Ci sono altre cose che mi lasciano perplessa, ma dovrei leggere le ricerche in bibliografia. Semmai le aggiungo.