Come augurio, Science mette in copertina gli “stiletti seghettati” con i quali la femmina di Anopheles gambiae incide la pelle e trasmette il plasmodio della malaria
. Una settantina di genetisti di mezzo mondo – compresi Flaminia Catteruccia e Andrea Crisanti – coordinati da quelli del Broad Institute, hanno sequenziato e confrontato il genoma di 16 specie del genere Anofele, africane, europee, asiatiche e latine americani per capire come, in circa 100 milioni di anni, sono diventate immuni al plasmodio, più efficaci come vettori, il loro adattamento alla “convivenza” con gli umani e a quali mezzi per sterminarle sono più suscettibili.
Esce anche un’analisi basata sul cromosoma X e gli autosomi (quelli in due copie, non legati al sesso) dei rapporti filogenetici tra zanzare imparentate, altrettanto pericolose: An. gambiae, An. coluzzii (1) e An. arabiensis. Quest’ultima è più vicina alla quadriannulatus, che non c’entra con la malaria, dicono Michael Fontaine et al. Le prime tre sono dette “antropofile” e dal loro punto di vista si capisce, dal nostro un po’ meno. Nel gruppo delle gambiae le antropofile si sono diramate e specializzate per prime, scambiandosi geni tra specie affini, il sistema di adattamento più veloce.
(1) In onore del padre di Mario Coluzzi, il pioniere dello studio di quei cromosomi, morto due anni fa.
*
Risoluzione di inizio anno, nell’editoriale della direttrice su come e con quali risorse archiviare i dati perché siano sempre più accessibili e ben ordinati mentre si moltiplicano come conigli e i loro “vettori” evolvono ben più velocemente delle anofeli:
My own commitment to these goals is deeply held, for I learned early in my career that interpretations come and go, but data are forever.
Forever, salvo disastro antropogenico o naturale. In due reportage, Richard Stone racconta la scelta degli scienziati di fuggire o restare nell’Ucraina occupata, qualcuno in cerca di lavoro nelle ex repubbliche sovietiche.
Anche Kelly Servick si occupa della “saga Anversa”, il ricercatore famoso per le staminali indotte che dovevano curare malattia cardiache di cui parlo ogni tanto. Piero Anversa, capo di un grande lab a Harvard, e Annarosa Leri, del Boston Women Hospital , dicono che in due paper ritrattati, i dati sono stati falsificati da altri autori, e fanno causa a Harvard:
The suit raises thorny questions about who bears responsibility for misconduct and how a university should preserve the reputations of scientists in a lab that’s under investigation.
Altre info e discussione da Retraction Watch. Qui la “saga” di Alfredo Fusco e le sue ritrattazioni crescenti non sembrano sollevare questioni “spinose”.
– A parte rare eccezioni, i corsi on line (MOOC) non mantengono la promessa di un’educazione universitaria accessibile a tutti e altrettanto efficace di quella dal vivo, scrive Justin Reich di Harvard, ma nessuno sa perché nonostante l’abbondanza di dati su motivazioni, frequenza, interazioni, abbandoni ecc.
Big data sets do not, by virtue of their size, inherently possess answers to interesting questions. For MOOC research to advance the science of learning, researchers, course developers, and other stakeholders must advance the field along three trajectories: from studies of engagement to research about learning, from investigations of individual courses to comparisons across contexts, and from a reliance on post hoc analyses to greater use of multidisciplinary, experimental design.
E magari eliminare le finte università on-line …
Sempre Big Data. Christian Tomasetti e Bert Vogelstein contano il tasso di mutazioni nella divisione delle staminali in cellule figlie in 16 tessuti/organi affetti da 31 tipi di tumore, dall’intestino al cervello, e ne estraggono una correlazione statistica – robusta, 0,81 – con la quale attribuiscono il 70% del rischio di cancro sull’arco di una vita sarebbe alla “sfortuna”, e il 30% dovuto a fattori ambientali (fumo, inquinamento) o ereditari.
A me le correlazioni… L’incidenza del cancro aumenta con la durata di vita, e questa aumenta per fattori ambientali? Culturali? Il sistema di editing che elimina le mutazioni dannose del Dna, smette di funzionare a caso, per “sfortuna”? Che cosa spegne o inibisce il gene P53, per dirne uno? Nell’evoluzione, si moriva finito il periodo riproduttivo per un’apoptosi generale dovuta alla “sfortuna”?
Chiama radio popolare, “ci diresti cosa ne pensi per il GR delle 19.30?” Ne penso, mah… che bisogna farsi delle domande. “Allora ti registro.”
aggiorn. 3/1: Repubblica, Il Fatto Q hanno fatto un macello, almeno Famiglia cristiana ha sentito un nutrizionista scettico, e oggi c’è un bell’articolo sul Guardian, che mette il dito sull’assenza di “base line”. Non ci avevo pensato…
Riguardo il caso di Alfredo Fusco, qualcuno sa come e’ finita l’indagine interna all’Universita’ di Napoli che era partita un po’ di tempo fa? A questo punto,se non e’ successo nulla, probabilmente le accuse piu’ pesanti contro di lui sonno cadute. Anche se, a dire il vero, altre ritrattazioni dei suoi articoli sono apparse dopo l’inizio dell’inchiesta.
Micky,
da quello che so, l’inchiesta non è stata archiviata quindi dovrebbe essere ancora in corso, e le correzioni/ritrattazioni non sono ancora finite.
Grazie per la risposta, Sylvie. Ci sara’ da attendere allora. L’unica cosa che mi sorprende un po’ e’ questa dilatazione dei tempi. Voglio dire, ci sono degli studi che sono stati messi in dubbio, dei finanziamenti che forse sono stati dati avventatamente, delle Universita’ e degli enti di ricerca che potrebbero aver dato dato spazio spazio e risorse a studi falsi. Possibile che non ci sia nessuno che cerchi di accellerare i tempi per non essere considerato connivente se non complice di tutto cio’?
Micky,
Non so a che punto sia l’indagine dell’università, chiedo scusa, in realtà pensavo a quella giudiziaria.
Grazie per la precisazione, Sylvie. Mi chiedevo se porteva darci qualcheinformazione in piu’ sul fatto che “correzioni/ritrattazioni non sono ancora finite”. Ce ne sarebbero delle altre in arrivo?
Micky,
le riviste avevano risposto ai whistleblowers che avrebbero fatto esaminare tutte le pubblicazioni “flagged” su Pubpeer/PubMed. Sette sono state ritrattate, ne rimangono altre 5 o 6 (a memoria).
A noi cronisti le riviste non dicono niente. Spesso ci vuol tempo perché alcuni degli autori rifiutano di ritrattare, e ancora di più quando ci sono risvolti giudiziari.
Mi fa venire in mente che magari la Federico II ha concluso l’indagine interna, l’ha passata alla Procura e finché questa non archivia o pubblica gli atti dell’accusa, non ne sapremo niente.
Il professor Roberto Di Lauro, a capo della commissione della universita’ di Napoli che doveva investigare sugli articoli di Alfredo Fusco,
http://www.nature.com/news/image-search-triggers-italian-police-probe-1.14295
ha accettato un incarico come responsabile scientifico dell’ambasciata italiana a Londra.
http://www.ambtbilisi.esteri.it/Templates/PaginaIntermedia.aspx?NRMODE=Published&NRNODEGUID=%7b3F7EB25A-2936-4417-947E-97927731B5EF%7d&NRORIGINALURL=%2fAmbasciata_Londra%2fMenu%2fI_rapporti_bilaterali%2fCooperazione%2bscientifica%2f&NRCACHEHINT=NoModifyGuest
Qualcuno sa se nel frattempo la commissione ha prodotto un report finale sui risultati dell’inchiesta?
Grazie dell’aggiornamento, Micky. Per il report non lo so, provo a chiedere
Grazie per il suo interessamento. Ha poi saputo qualcosa?
Niente, ma è colpa mia, mi son dimenticata di sollecitare. Prometto di farlo l’anno prossimo!
Grazie ancora e buon anno. Le e’ riuscito di avere un qualche contatto con la commssione che indagava sui lavori di Alfredo Fusco? Grazie ancora per il suo interessamento.
Micky,
niente di ufficiale, a parte “se ne occupa la magistratura”, adesso anche quella milanese.
Ho capito: grazie mille. La mia sommessa impressione e’ che di questa storia non interessa niente a nessuno. Menchemai alla commissioni che dovrebbero indagare.
Micky,
può darsi che l’indagine dell’università, conclusa o meno, sia finita in Procura dove “le indagini sono tuttora in corso”. (A Milano sono appena iniziate.) Se è così, bisogna aspettare l’atto d’accusa o di archiviazione.
In realtà 8 ritrattazioni sono tante, penso che all’AIRC e altri enti finanziatori interessi parecchio.
Speriamo. Pero’ vedo che sulla board dell’AIRC ci sono persono con 3 ritrattazioni. E’ vero che non sono i senior author di queste pubblicazioni, ma questi articoli contribuiscono al loro impact factor, al loro H-index, insomma, al momento, a queste persono sono serviti per attrarre finanziamenti e quantaltro.
eh lo so, ma l’AIRC non può sostituirsi né alle università né alla magistratura, può solo sospendere i finanziamenti in attesa di “definizione”.
Perche sostituirsi alla magistatura e universita? Dovrebbe semplicemente togliere dalla propria board persone che hanno 3 ritrattazioni.
Micky,
ma prima vanno definite le responsabilità personali, e mi sembra giusto così. Nel post sopra citavo:
The suit raises thorny questions about who bears responsibility for misconduct and how a university should preserve the reputations of scientists in a lab that’s under investigation.
Certamente: molte dei co-autori degli articoli incriminati non hanno responsabilita’ alcuna sulla contraffazione dei dati presentati nell’articolo. Addirittura, spesso alcuni di loro non hanno neanche mai visto il paper prima che venisse sottomesso, ma hanno preteso ugualmente l’authorship per una varieta’ di motivi non attinenti all’articolo, quali menthorship, seniority, etc. Comunque, cosi’ come pretendono l’authorship, cosi’ sono veloci a defilarsi qualora le cose prendano una brutta piega, i.e., in caso di ritrattazione dell’articolo. Paradossalmente, ho avuto modo di notare come la stessa AIRC appoggi questa policy. Infatti, quando si sottopone una richiesta di finanziamenti a questa agenzia, una delle cose che viene fatta e’ quella di calcolare un valore che corrisponde alla somma dei fattori di impatto delle sue pubblicazioni, *indipendentemente* da quello che e’ stato il contributo al lavoro scientifico. Ad uno dei seminari dell’AIRC, uno dei dirigenti affermo’ che se questo valore non era almeno di 50 negli ultimi 5 anni, la probabilita’ di essere finanziati era davvero bassa.
La mia sommessa opinione e’ che, fino a quando questi criteri rimarranno in vigore, AIRC dovrebbe considerare tutti gli autori di un articolo alla stessa stregua e non tollerare sulla propria board chi ha avuto 3 ritrattazioni. Altrimenti appoggerebbe il triste atteggiamento schizofrenico di tanti co-autori (a Napoli si dice ‘chiagne e fotte’).
Sul sito di Pubpeer,Roberto Di Lauro informa che il report e’ stato prodotto ed e’ da tempo in mano al rettore.
https://pubpeer.com/publications/67130CFDA6D3D4F59D463598ACE835#fb44662
Micky,
penso che il rapporto sia finito alla procura perché è successo anche in altri casi –
Sulle firme abusive sono molto d’accordo con lei. Adesso parecchie riviste chiedono che sia specificato il contributo dei vari autori, non so se l’AIRC (o il MIUR) possa obbligare gli autori a pubblicare solo in quelle che lo fanno.
Sono anni che sulle riviste che leggo si discute del troppo peso dato all’IF nel mix usato per le valutazioni. Bel problema “scientifico”. Forse esiste un mix di criteri così oggettivi da eliminare tutti i bias, ma ne dubito.
Sylvie: basterebbe considerare valide per IF, H-index e quantaltro solo le pubblicazioni in cui un autore e’ primo oppure ultimo nome. Naturalmente per queste un autore poi ne risponde nel bene e nel male. Il resto dovrebbe incidere al massimo per il 5%.
Interessanti informazioni ancora da Di Lauro su PubPeer:
I moved to London shortly after transmission of the report to the Rector. I learn that on the basis of our report Prof. Fusco received a sanction and a warning from the Rector and furthermore, as recommended in the report, the University Federico II has now established rules on how to handle cases of misconduct. However the report belongs to the University and it is not in my power to disclose it. Again, you could ( and should be able to) ask for the report either to the rector at the address given above or to the coordinator of the Research committee of the University, Prof. Tommaso Russo. For any personal comment I am available at the address londra.
https://pubpeer.com/publications/67130CFDA6D3D4F59D463598ACE835#fb44703
Micky,
grazie, provo subito.
pubblicazioni in cui un autore e’ primo oppure ultimo nome
Sì, ma dipende da quale ordine è adottato, non mi sembra esserci un’unanimità.
Sylvie: non sono sicuro di aver ben compreso il suo commento.
Intendevo dire che, per gli indici bibliometrici, bisogna considerare principalmente gli articoli dove l’autore ha fatto il grosso degli esperimenti o li ha seguiti da vicino (primo nome). Oppure e’ stato il capo laboratorio e quindi conosce nel dettaglio gli esperimenti fatti (ultimo nome).
Non sembra così semplice! Da quello che ho visto, le regole variano: per esempio ho visto che i genetisti usano a volte l’ordine alfabetico, come i fisici.
Si figuri se nei lavori scientifici seri usano un ordine alfabetico! Si scannano per essere primo oppure ultimo nome, altroche!
Nel caso di shared first or last authorship, dividerei semplicemente l’IF, H-index, etc per il numero di persone che la condividono. Deve essere un gioco a somma zero, cosi’ finiscono tutti i truchhetti che siamo abituati a vedere.
Sylvie: perche’ non prova ad intervistare Fusco? Non abbiamo mai sentito la sua versione dei fatti, specialmente alla luce delle sanzioni che gli sono state comminate. Insomma, mi sembra che ci siano tanti spunti nuovi che potrebbero interessare i lettori. Lei poi e’ sempre molto equilibrata, per cui sono sicuro che ne vorrebbe fuori un bel pezzo.
micky,
Si figuri se nei lavori scientifici seri usano un ordine alfabetico!
Lei pensa davvero che i lavori di Pardis Sabeti, per esempio, siano poco seri?
Fusco ha dato la sua versione, tra l’altro appena confermata da Di Lauro, nel 2013
Stiamo discutendo di uno o due errori su 7-8.000 pannelli (…) Il lavoro sulle immagini al computer spesso lo fanno i ragazzi, magari i tesisti, non io ecc.
Uno o due errori altrui e nessuna manipolazione. Quando (se?) riceverò il rapporto, se i suoi avvocati sono d’accordo e a Oggi Scienza interessa forse avremo qualcosa da chiedergli.
Mi porta come esempio un lavoro di un consorzio, che rappresenta una fetta largamente minoritaria dei lavori che escono dai laboratori. Nella stessa pagina che mi riporta, puo’ vedere che i lavori che fuoriscono dal lab di Sabeti hanno lui come ultimo nome.
OK per l’articolo su OggiScienza se mai si fara’.
Sono tanti esempi, e usano regole diverse a seconda del gruppo, del lab principale ecc. – nel frattempo continua il dibattito sull’ordine delle firme e come indicizzarle.
Per l’articolo al momento nessuno mi risponde.
Grazie per l’aggiornamento sull’articolo. L’argomento mi sembra comunque attuale non solo a livello nazionale e sono sicuro che anche i grandi quotidiani potrebbero essere interessati all’intervista (per il corriere sarebbe un followup a seguito della sanzione). Gli articoli d’inchiesta sembrano poi piacere molto anche al fatto quotidiano.
Per la questione dei nomi, un sommesso consiglio. Lei e’ a contato con molti ricercatori in ambito biomedico. Perche’ non fa un piccolo sondaggio?
Dottoressa, ha visto che forse all’AIRC ci leggono? Per le nuove submission di domande di finanziamento bisogna avere un impact factor attivo (primo, ultimo oppure corresponding author) di almeno 30 negli ultimi 5 anni. Non avevo dubbi che, sotto la direzione di Caligaris-Cappio, questo importante aspetto avrebbe avuto la giusta considerazione.
Micky, non sono dottoressa, se mi chiama così mi vien da ridere e di più ai miei ex-studenti della Statale e altri compagni di cappuccino!
Non credo che ci leggano, cmq quella del corresponding author mi pare una buona soluzione.
Sono stati i miei contatti biomed a dirmi delle discussioni in corso. Stanno tutti in gruppi interdisciplinari, forse in oncologia è diverso.
i grandi quotidiani potrebbero essere interessati all’intervista
non so, senza il rapporto non c’è la notizia nemmeno per una colonna in cronaca locale. Secondo me, la misconduct interessa molto poco. Credo che di questa abbia parlato solo Oggi Scienza, eppure sperimentare con antibiotici su bambini con un po’ di tosse da raffreddore è più grave che pubblicare immagini ritoccate.
“i grandi quotidiani potrebbero essere interessati all’intervista
non so, senza il rapporto non c’è la notizia nemmeno per una colonna in cronaca locale. Secondo me, la misconduct interessa molto poco”
Ha visto che il Corriere sembra crederci?
http://video.corriere.it/ricerche-scientifiche-fatte-photoshopecco-come-si-svelano-truffe-accademiche/853d9fb2-d65f-11e5-8e4b-2c56813c9298