Quando non ne posso più di paper falsificati su Sars Cov-2, covid-19 o presunta cura, vado su Nextstrain, al contempo banca-dati, piattaforma informatica, strumento di divulgazione e di collaborazione mondiale sul serio.
(Ci ho appena passato un paio d’ore dopo un commento di Sergio Cosmaro a proposito della frase di Elena Castellani su Le Scienze di maggio:
- “quando per esempio esperti del clima sostengono tesi discordanti riguardo all’interpretazione del cambiamento climatico, a chi dare retta?”
Agli autori dei rapporti IPCC che valutano la plausibilità delle varie tesi, tanto per cominciare?)
Devo aver raccomandato Nextstrain più volte, senza dire perché è affidabile, provo a rimediare. Figlia di GISAID, aperta ufficialmente nel maggio 2018, mostra “in tempo reale” la diffusione e l’evoluzione (filogenesi) di virus patogeni. Un gruppuscolo di bio-informatici, filogenomisti e virologi l’aveva concepita nel 2016. L’anno dopo il prototipo riceva il premio Open science, pochi soldi – $230 mila – ma abbastanza per collaudarlo e reclutare nuovi collaboratori.
Uno dei progressi fatti da allora è essenziale – trovo – per ricercatori, epidemiologi, medici e ancora di più per noi dummies
- Capire quello che i dati dicono richiede spesso una notevole competenza in filogenomica. Le narrative di Nextstrain consentono di “allegare” brevi paragrafi di testo ad alcune visualizzazioni dei dati.
In successione, i paragrafi raccontano come i filogenomisti interpretano i dati.
Nel diagramma e nella mappa sulla pagina del nuovo coronavirus, ci stanno “soltanto” tremila genomi. Per vedere i 14 mila presenti oggi su GISAID, bisogna cliccare sui link per località, per autori o per centri di ricerca sotto le immagini.
Non tutti hanno già una narrativa uscita su qualche rivista o in un archivio di preprint. Per ora mancano genomi del Sars Cov-2 trovati in pazienti prima del 24 dicembre 2019. La sua presenza da settembre-ottobre in malati di influenza e polmonite in Lombardia e altrove resta un’ipotesi – plausibile, ma da dimostrare.
(Pasquale Mario Bacco – “l’esperto” di chissaché intervistato dal Giornale a causa di una sua réclame per il kit venduto senza convalida né certificazione dalla sua ditta di Bitonto e/o Battipaglia – è già stato debunked da Guido Silvestri, grazie prof!)
Per ora le suddivisioni in cladi – in discendenti da un singolo virus mutato – sono provvisorie, dipendono dai genomi disponibili localmente. E’ probabile che siano superate insieme all’annuncio di mutazioni che rafforzerebbero o attenuerebbero qualche proprietà del virus.
La narrativa continuerà a cambiare, va così da quando esiste la ricerca. Allora “a chi dar retta”? Agli esperti che continuano a dimostrarsi onesti, che domanda! Una docente di filosofia della scienza dovrebbe forse chiedersi come li distingue dagli imbroglioni quando la sua stessa università insegna ciarlatanerie e dimostra solidarietà perfino a Marco Ruggiero e ai suoi ex collaboratori…
“… resta un’ipotesi – plausibile, ma da dimostrare.”
Ai tempi della vendemmia di sicuro, anche perché – da quel che ho letto – l’ipotesi più robusta per la Cina verte su un inizio databile nel periodo metà ottobre-metà novembre. Ma intanto, durante l’avvento parigino …( qui le reazioni). E sarebbe anche coerente con quel che viene detto nel primo report che ho citato (e che fa ampio uso della banca dati GISAID):
“The start of the epidemic is estimated to be between mid-October and mid-November. The most recent common ancestor giving rise to the outside-China sequences is estimate to be about 3 weeks later.”
Steph,
penso anch’io che sia probabile, ma bisogna trovarli e sequenziarne il genoma. Per la paziente di Parigi hanno ragione gli esperti del Media Centre, i tamponi danno troppi falsi positivi (per di più la rivista ha una brutta reputazione)
Pensavo che il sequenziamento del virus potrebbe essere utilizzato per identificare la provenienza regionale del virus: se accadranno nuovi casi in regioni con basso indice di riproduzione di base, allora dal sequenziamento (associato ad ogni regione) potrebbe essere possibile identificare una differente regione di provenienza , restringendo il campo delle indagini scintifiche per la persona, o il gruppo, infetto.
E’ evidente che nuovi casi dovrebbero essere dovuti, con maggiore probabilità, dal trasferimento da regioni differenti: una nextstrain regionale (forse anche provinciale) per i flussi virali.
domenico,
Le provenienze sono proprio mostrate nel grafico di Nextstrain con la percentuale di probabilità per ciascuna. Anche quando sono confermate al 100% in che cosa cambiano le indagini sulla persona o il gruppo infetto?
Scusa, non sono stato chiaro: se un caso infetto si verifica in Campania, o in Sicilia, una analisi genetica del virus potrebbe indicare la regione di provenienza, quindi fra i conoscenti, o i contatti, potrebbe essere individuato l’infetto tramite la provenienza; si potrebbe individuare per esempio un ceppo emiliano, o piemontese, e potrebbe essere più facile individuare la catena di trasmissione.
domenico,
anche se la provenienza fosse “Codogno 100%”, non sapremmo chi è contagioso a Codogno o altrove. L’unico modo di individuare la catena di trasmissione è di fare il tampone a tutti i contatti di una persona risultata positiva, ai loro contatti e così via.